在中西医结合儿科学中，对于蛋白质-能量营养不良（Protein-Energy Malnutrition, PEM）这一疾病，中医认为其主要病因可归纳为以下几个方面：
1. 先天不足与后天失养：先天禀赋不足，如父母体质虚弱、孕期保健不当等；后天喂养不当或饮食结构不合理，导致脾胃功能受损，影响食物的消化吸收。
2. 脾胃虚弱：脾胃是人体运化水谷精微的主要器官。若小儿脾虚，则不能正常运化水谷之气，造成气血生化乏源，进而出现营养不良的症状。
3. 情志失调：情绪波动过大或长期处于焦虑、抑郁状态可影响肝气疏泄功能，导致肝木克土（即肝脏功能异常影响到脾胃），从而加重脾胃虚弱的情况。
4. 长期疾病消耗：慢性病程中的持续性消耗也会导致机体营养状况恶化，如反复呼吸道感染、消化道寄生虫等均可引起PEM。
5. 外感六淫侵袭：风寒湿热等外邪侵入人体后，可直接或间接地损伤脾胃功能，造成水谷不化，精微不能输布全身而致营养不良。

综上所述，在中医理论中，蛋白质-能量营养不良的病因主要与先天因素、饮食失宜、情志失调、疾病消耗及外界环境等因素有关。治疗时需根据具体病情辨证施治，调和脾胃，增强体质，促进患儿健康成长。