先天性甲状腺功能减退症（先天性甲减）的主要病因包括：
1.甲状腺发育异常 这是最常见的原因，可以是甲状腺完全缺失、异位或部分发育不良。这些情况导致甲状腺无法正常产生足够的甲状腺激素。
2.遗传因素 先天性甲减有遗传倾向，某些基因突变如TSHR（促甲状腺激素受体）、TPO（过氧化物酶）、TG（甲状腺球蛋白）等的异常都可能引起该病。
3.母亲自身免疫性疾病 孕妇如果患有自身免疫性甲状腺疾病，其体内产生的抗体可能会通过胎盘影响胎儿的甲状腺功能，导致新生儿出现先天性甲减。
4.碘摄入不当 无论是孕期母亲碘缺乏还是过量摄入都可能导致胎儿或新生儿发生甲状腺功能障碍。在某些地区，由于饮食中长期缺碘或者过量补碘而引发此症的情况较为常见。
5.药物因素 孕妇服用某些药物如抗甲状腺药、锂盐等也可能对胎儿造成影响，干扰其正常的甲状腺发育和功能。
总之，先天性甲减的病因多样，涉及遗传、环境及母体健康状况等多个方面。早期诊断与治疗对于改善患儿预后至关重要。
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