新生儿筛查甲状腺功能减退（简称甲减）主要通过检测血液中的特定指标来实现。主要筛查的指标包括：

1.促甲状腺激素 (TSH)：这是最常用的筛查指标。新生儿如果存在先天性甲状腺功能减退，其血清中TSH水平通常会升高。

2.游离T4（FT4）：在一些情况下，除了检测TSH之外，还会进一步检查游离甲状腺素(FT4)的水平。这是因为甲减时，不仅TSH可能增高，FT4也可能降低。

新生儿筛查一般是在出生后2-3天内通过足跟血采集样本进行测试。如果初筛结果显示异常，则需要尽快安排复查或做更详细的诊断以确认是否真的患有甲状腺功能减退，并及时开始治疗，避免对婴儿的生长发育造成不良影响。