感染性心内膜炎最常见的病原体是细菌，其中最常见的是链球菌属和葡萄球菌属。具体来说，草绿色链球菌（以前称为甲型溶血性链球菌）是最常见的致病菌之一，尤其是在没有心脏瓣膜疾病或人工瓣膜的情况下。然而，在有心脏瓣膜病变、人工瓣膜植入或者静脉药物使用者中，金黄色葡萄球菌则更为常见。此外，肠球菌和其他一些较少见的细菌也有可能引起感染性心内膜炎。
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