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一般根据虫体寄生的部位,将原虫病分为：

①肠道原虫感染。如肠阿米巴病等。临床上常有腹痛、腹泻，排稀便或脓血便，粪便中常可找到滋养体或包囊。

②肝脏及胆道原虫感染。如阿米巴肝脓肿等。临床上常有发热、肝区疼痛、肝脏肿大并有压痛等。

③血液及淋巴系统原虫感染。如疟疾、巴贝原虫病等。常可有局部或全身性淋巴结肿大、贫血、发冷、发热等。

④神经系统原虫病染。如原发性阿米巴脑膜脑炎、非洲锥虫病、脑型疟等。常有发热、头痛、颅内压增高、癫痫、昏迷等。

⑤皮肤和肌肉原虫感染。如皮肤阿米巴病、皮肤利什曼氏原虫病等。常可出现皮肤红肿、溃疡等。

⑥肺部原虫感染。如卡氏肺孢子虫病、阿米巴肺脓肿等。常有发热、胸痛、咳嗽、干咳或咳出脓痰，痰中有时可找到虫体。

⑦眼部原虫感染。如眼弓形虫病。表现虹膜睫状体炎、视网膜脉络膜炎等。

⑧泌尿生殖系原虫感染。如滴虫性阴道炎等。临床上有尿道炎或阴道炎的征象。值得注意的是有些原虫所致病变常不局限于一个脏器，而是数脏器同时受累。