在临床上，对于龋齿（俗称虫牙）的药物治疗，主要目的是抑制细菌生长、促进牙齿再矿化和缓解症状。常用的药物包括：
1. 氟化物制剂：这是最常用的一类预防和治疗早期龋病的药物，如含氟凝胶、含氟泡沫、含氟漱口水等。它们可以增强牙釉质抵抗酸蚀的能力，并有助于已经发生脱钙的部分再矿化。
2. 抗菌剂：例如氯己定（洗必泰）溶液或凝胶，具有较强的抗微生物作用，可减少口腔内致龋细菌的数量，用于辅助治疗龋病和预防继发性龋。
3. 矿化液：如含有磷酸钙、碳酸钙等成分的矿化液，能够为牙齿提供矿物质来源，促进其再矿化过程。
4. 生物活性玻璃：这是一种新型材料，具有良好的生物相容性和缓释特性，可以在局部长时间释放氟离子和其他有益元素，对预防龋齿有积极作用。
5. 中药制剂：一些中药成分如黄连、金银花等也具备一定的抗菌消炎效果，在某些情况下可以作为辅助治疗使用，但需注意其安全性和有效性尚需更多科学研究支持。

需要注意的是，药物治疗通常只能用于早期龋病的控制或者预防，并不能替代必要的修复性治疗。对于已经形成明显缺损的龋齿，应尽早到医院就诊，由专业医生进行充填或其他形式的治疗。