药物对机体生理功能的影响主要通过与体内的生物分子相互作用，改变这些分子的功能或活性来实现。这种作用可以是直接的也可以是间接的。以下是几种常见的方式：
1. 作为受体激动剂或拮抗剂：许多药物通过结合特定的细胞表面受体或者胞内受体发挥其效应。如果药物能够激活受体，则称为激动剂，如β-肾上腺素能受体激动剂可以扩张支气管平滑肌；若药物阻止了天然配体与受体的结合，则为拮抗剂，例如阿托品作为M胆碱受体阻断药可抑制腺体分泌。
2. 影响酶活性：有些药物通过改变特定酶的结构或抑制其催化功能来影响代谢过程。比如质子泵抑制剂（PPIs）可以减少胃酸分泌；他汀类药物则通过抑制HMG-CoA还原酶降低胆固醇合成。
3. 调控离子通道：一些药物能够打开、关闭或者调节细胞膜上的离子通道，从而改变细胞内外电位差和物质交换。例如钙通道阻滞剂用于治疗高血压和心绞痛；利多卡因等局部麻醉药通过阻断钠通道产生镇痛效果。
4. 改变基因表达：部分药物能影响核内转录因子的活性或直接作用于DNA，进而调控特定蛋白质的合成。如糖皮质激素可通过与细胞核内的受体结合，调节炎症相关基因的表达；抗癌药顺铂则通过形成DNA-铂复合物干扰DNA复制和修复。
5. 免疫调节：某些药物可增强或抑制免疫系统的反应。例如免疫抑制剂环孢素A用于防止器官移植后的排斥反应；而疫苗则是利用抗原刺激机体产生特异性免疫力的方式预防疾病。
6. 作为抗氧化剂或清除自由基：维生素E和C等具有抗氧化作用的物质可以保护细胞免受氧化应激损伤，对抗衰老、心血管病等方面有一定益处。

总之，药物通过多种机制影响人体生理功能，并且这种影响往往需要精确控制剂量以达到最佳疗效并减少副作用。在临床应用时，医生会根据患者的具体情况选择合适的治疗方案。