主管药师在药品管理中需要遵守的规定主要包括以下几个方面：
1. 法律法规遵从：严格执行《中华人民共和国药品管理法》、《处方药与非处方药分类管理办法》等相关法律法规，确保药品的采购、储存、调配、发放等各个环节符合法律规定。
2. 药品质量控制：对入库和出库的所有药品进行严格的质量检验，保证药品的有效性和安全性。对于过期、变质或来源不明的药品不得使用，并按规定处理。
3. 合理用药指导：依据医生处方准确无误地调配药物，向患者提供正确的用药指导，包括用法用量、注意事项等信息，避免不合理用药导致的风险。
4. 保密制度落实：妥善保管患者的个人信息和医疗记录，未经允许不得泄露给任何第三方。
5. 应急预案制定与执行：针对可能出现的药品短缺、不良反应等情况，提前制定应急预案，并在必要时迅速启动以保障患者权益。
6. 持续教育学习：定期参加专业培训及继续教育活动，不断提升自身业务能力和管理水平。
7. 伦理道德规范：坚持诚信执业原则，维护职业尊严和社会形象；尊重患者的健康权和知情同意权。

以上就是主管药师在药品管理中应遵守的主要规定。