针灸治疗月经不调时，主要会刺激一些与妇科疾病密切相关的穴位。常用的穴位包括关元、气海、三阴交、血海、足三里等。这些穴位分布在人体的腹部和下肢，通过针刺或艾灸等方式可以调节气血，改善内分泌功能，从而达到治疗月经不调的效果。
1. 关元穴：位于前正中线上，脐下3寸处，是任脉上的重要穴位之一，对于调理女性生殖系统疾病有很好的效果。
2. 气海穴：在关元下方约一寸的位置，同样属于任脉，有助于温补肾气、调经止痛。
3. 三阴交穴：位于小腿内侧，当内踝尖上3寸，胫骨后缘。此穴位是足太阴脾经的合穴，能调理肝脾功能，对于月经不调及多种妇科病有良好疗效。
4. 血海穴：在大腿内侧，髌底内侧端上2寸，当股四头肌内侧头的隆起处。血海穴能够活血化瘀、调经止带。
5. 足三里穴：位于外膝眼下3寸，距胫骨前缘一横指（中指）。足三里是胃经上的主要穴位之一，具有健脾和胃、益气安神的功效。

在实际操作过程中，医生会根据患者的具体情况选择合适的穴位组合进行治疗。此外，在针灸的同时还可以结合中药内服外治等方法以增强疗效。