区别在于：设置意义不同、管理要求不同、考试要求不同。
1、设置意义不同：国家实行乡村医生执业注册制度，县级人民政府卫生行政主管部门负责乡村医生执业注册工作；乡村全科执业助理医师为国家为乡村医生的依法管理而建立的一套管理办法。
2、管理要求不同：申请在村医疗卫生机构执业的人员，应当持村医疗卫生机构出具的拟聘用证明和相关学历证明、证书，向村医疗卫生机构所在地的县级人民政府卫生行政主管部门申请执业注册；乡村全科执业助理医师考试报名、资格审核及考试时间等按照执业助理医师资格考试规定进行，考试合格的发放乡村全科执业助理医师资格证书，限定在乡镇卫生院或村卫生室执业。
3、考试要求不同：乡村医生经培训并考试合格的，可以申请乡村医生执业注册；经培训但考试不合格的，县级人民政府卫生行政主管部门应当组织对其再次培训和考试；为建立乡村全科执业助理医师制度，做好乡村医生队伍建设和全科医生队伍建设的衔接。根据国家卫生部门相关安排，在2016年执业助理医师资格考试中增设乡村全科执业助理医师资格考试。
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