在乡村全科助理医师的工作中，判断何时需要将患儿转至上一级医院是一项重要的职责。这不仅关系到患儿的健康和安全，也体现了医生的专业判断能力。一般来说，当遇到以下情况时，应考虑及时将患儿转院：
1. 当病情超出基层医疗机构的诊疗范围或条件限制时：例如，需要进行复杂手术、特殊检查（如MRI、CT等）或者有专门科室才能提供的治疗。
2. 病情危急且当地无法提供有效救治的情况下：比如严重创伤、急性中毒、休克、重度脱水、呼吸衰竭等情况。这类病情往往需要紧急处理，并迅速转运到具备抢救条件的医院进行进一步诊治。
3. 患儿出现不明原因的症状或体征，经过初步检查后仍不能明确诊断时：如果患儿出现了持续高热不退、反复呕吐腹泻不止、生长发育迟缓等难以解释的现象，在基层医疗机构无法确定具体病因时，则需要转诊至上级医院做更详细的检查和确诊。
4. 患儿患有罕见病或遗传性疾病，需要专科医生进行评估与治疗：对于一些少见疾病，如先天性代谢障碍、免疫缺陷病等，基层医生可能缺乏足够的经验和知识来进行正确处理，此时应该将患儿转送到有相应专业团队的医疗机构接受更专业的诊疗。
5. 患儿及其家属要求或强烈希望到上级医院就诊时：在尊重患者及家长意愿的同时，也要向他们解释当前病情状况以及转院可能存在的风险，并做好相关交接工作。

总之，在处理儿童病例的过程中，乡村全科助理医师应当根据患儿的具体情况和自身医疗条件作出合理的判断。当认为有必要时，应及时与家属沟通并安排合适的转运方式，确保患儿能够获得及时有效的治疗。