抗原在免疫反应中的主要作用是激发和引导机体产生特异性免疫应答。当病原体（如细菌、病毒等）侵入人体时，它们表面的特定分子结构即为抗原，能够被机体的免疫系统识别。一旦识别到这些外来抗原，免疫系统就会启动一系列复杂的反应来对抗入侵者。

首先，抗原会被抗原呈递细胞（比如巨噬细胞和树突状细胞）摄取、处理，并将处理后的抗原片段与主要组织相容性复合体（MHC）分子结合形成复合物，然后展示在这些细胞的表面。接下来，T淋巴细胞会识别这种MHC-抗原复合物并激活，进而分化为效应T细胞或记忆T细胞。

同时，在辅助T细胞的帮助下，B淋巴细胞也会被活化，并开始增殖、分化成浆细胞和记忆B细胞。浆细胞负责产生针对特定抗原的抗体，而记忆细胞则能在未来遇到相同抗原时快速响应，提供长期保护。

总之，抗原是启动免疫应答的关键因素之一，通过与免疫系统的相互作用，最终达到清除病原体、保护机体免受侵害的目的。