在临床应用中，合理选择抗菌药物是确保治疗效果、减少耐药性产生和保障患者安全的关键。具体来说，可以从以下几个方面进行考虑：
1. 明确诊断：首先需要明确感染的类型（细菌感染或非细菌感染），因为抗菌药物主要用于治疗由细菌引起的感染。对于病毒、真菌或其他微生物导致的疾病，则需选择其他相应的治疗方法。
2. 了解病原体及其敏感性：通过实验室检查，如血液培养、分泌物涂片等方法确定引起感染的具体病原体，并进行药敏试验以得知该病原体对哪些抗菌药物较为敏感。这有助于医生针对性地选用最有效的药物，避免盲目使用广谱抗生素。
3. 考虑患者情况：包括患者的年龄、体重、肝肾功能状态等因素，这些都会影响到药物的选择和剂量的调整。例如，老年人或有慢性疾病的患者可能需要特别关注某些抗菌药物对其健康状况的影响。
4. 选择合适的给药途径：根据感染部位及病情严重程度决定是采用口服、静脉注射还是局部应用等方式给予抗菌药物。通常情况下，轻中度感染可以考虑使用口服制剂；而重症感染则建议优先选用静脉输注的方式以快速达到治疗浓度。
5. 遵循用药原则：遵循“能不用就不用，能少用不多用”的原则，在保证疗效的同时尽量减少不必要的抗生素使用量和疗程时间。同时注意监测不良反应及耐药性的发生情况，及时调整治疗方案。
6. 按照国家或地区指南推荐使用：参考国内外权威机构发布的抗菌药物使用指导文件，如中国《抗菌药物临床应用指导原则》等，结合自身经验做出合理选择。

总之，在口腔执业助理医师的工作中，对抗菌药的合理选用不仅需要专业知识的支持，还需要密切配合实验室检测结果以及患者的实际情况来进行综合判断。