结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌虽然都属于分枝杆菌属，但它们在临床表现、流行病学特征以及实验室诊断方面存在一些差异。因此，在诊断这两种微生物时所采用的方法也会有所不同。
1. 标本采集：对于疑似肺结核的患者，通常会收集痰液样本进行检测；而对于非结核分枝杆菌感染，则可能需要根据病变部位的不同来选择合适的标本类型，如皮肤、淋巴结或其他组织活检等。
2. 涂片染色：两种分枝杆菌都可以通过抗酸染色法在显微镜下观察到红色的菌体。但是，由于非结核分枝杆菌中某些种类对抗酸性较弱，在涂片检查时可能会出现假阴性的结果。
3. 培养鉴定：结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌都可以使用低氧环境下的液体或固体培养基进行生长。然而，结核分枝杆菌的生长速度相对较慢（通常需要2-8周），而非结核分枝杆菌则可能在1-3周内出现菌落。此外，在鉴定方面，可以通过生化反应、基因序列分析等方法区分不同的非结核分枝杆菌种类。
4. 分子生物学技术：利用PCR等分子生物学手段可以快速准确地识别出结核分枝杆菌复合群和特定类型的非结核分枝杆菌。例如，Xpert MTB/RIF检测是一种高度敏感且特异的方法，主要用于诊断肺结核及耐药性问题；而针对非结核分枝杆菌，则需要设计不同的引物来扩增其特异性基因片段。
5. 药敏试验：对于临床分离的菌株，还需要进行药物敏感性测试以指导治疗。结核病患者通常会接受多种抗结核药物联合治疗，并定期监测疗效；而非结核分枝杆菌感染则需要根据具体的致病菌种类选择合适的抗生素方案。

总之，在诊断结核与非结核分枝杆菌时，应综合考虑患者的临床表现、流行病学背景以及实验室检查结果。