抗菌药物在牙周病治疗中的应用主要是为了控制或消除导致牙周炎症的细菌感染，其使用方式和目的需要根据患者的具体情况来确定。通常情况下，牙周病的治疗首先推荐机械性清除菌斑和牙石（如洁治术、根面平整等），但某些情况下可能需要辅以抗菌药物治疗。
1. 局部应用：对于局限性的中重度牙周炎或者在完成基础治疗后仍有炎症存在的患者，可以考虑使用局部抗菌药物。常见的局部用药包括含氯己定的漱口水、抗生素凝胶或芯片（如多西环素凝胶）、缓释剂等。这些药物可以直接作用于感染部位，减少全身副作用。
2. 系统应用：对于广泛性重度牙周炎患者，在非手术治疗效果不佳时，或者存在高度耐药菌株的情况下，医生可能会考虑短期使用口服抗生素进行系统治疗。常用的口服抗生素有阿莫西林、甲硝唑、多西环素等。需要注意的是，系统用药应在专业医师指导下使用，并且要考虑到药物的副作用和患者是否对某些药物过敏。
3. 联合应用：在一些特殊情况下，如牙周-牙髓复合体感染或伴有全身疾病的重度牙周炎患者，可能需要采用局部与系统抗菌药物相结合的方式治疗。此时应更加谨慎地选择药物种类、剂量及疗程，并密切监测患者的反应和疗效。

总之，在使用抗菌药物治疗牙周病时，应当遵循个体化原则，结合临床检查结果和个人健康状况制定合理的治疗方案。同时要注意防止滥用抗生素导致的耐药性问题。