HLA-II类分子在免疫反应中扮演着重要的角色，主要负责抗原的提呈。具体来说，它们参与的是外源性抗原（如细菌、病毒等）的处理与展示过程。当这些抗原被巨噬细胞或树突状细胞等抗原提呈细胞吞噬后，会被分解成小片段，然后结合到HLA-II类分子上，并被运输至细胞表面进行展示。

T淋巴细胞中的辅助性T细胞（Th细胞），通过其表面的TCR（T细胞受体）识别这种由HLA-II类分子携带并展示在外表面的抗原肽复合物。这一过程对于激活免疫系统至关重要，能够促进B细胞产生抗体、增强巨噬细胞的功能以及刺激其他类型的T细胞参与免疫反应。

此外，HLA-II类分子在自身免疫疾病的发病机制中也起到一定作用，某些特定的HLA-II类型与一些自身免疫性疾病的发生有较强的相关性。例如，HLA-DR4与类风湿关节炎、1型糖尿病等疾病的风险增加有关联。总的来说，HLA-II类分子是维持正常免疫功能和防止病原体感染的关键因素之一。

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