转录起始复合物的形成是一个复杂且精密的过程，主要通过多种机制来调控。这个过程涉及到RNA聚合酶、启动子以及各种转录因子等成分之间的相互作用。下面是一些关键的调控方式：
1. 启动子序列：启动子是DNA上的一段特殊序列，能够被特定的转录因子识别并结合，从而启动转录过程。不同基因的启动子具有不同的特性和强度，这直接影响了转录起始复合物形成的效率。
2. 增强子和沉默子：除了启动子外，还有其他远距离作用的DNA序列如增强子（enhancers）和沉默子（silencers）也参与调控。增强子可以增加基因表达水平，而沉默子则相反，它们通过与特定转录因子结合来影响转录起始复合物的组装。
3. 转录因子：这些是蛋白质分子，能够识别并结合到DNA上的特定位点，进而促进或抑制RNA聚合酶与启动子的结合。一些转录因子是通用性的，在多种细胞类型中发挥作用；而另一些则是特定于某些细胞类型或在特定条件下激活。
4. 表观遗传修饰：包括DNA甲基化、组蛋白乙酰化等化学修饰，这些修饰可以改变染色质结构，从而影响基因的可接近性和转录活性。例如，DNA甲基化通常与基因沉默相关联，而组蛋白乙酰化则有助于开放染色质结构，促进转录。
5. 微小RNA（miRNA）：虽然主要在转录后水平调控基因表达，但某些miRNA也能通过影响转录因子的稳定性或活性来间接地调节转录起始复合物的形成。
6. 信号传导途径：细胞内外的各种刺激可以激活特定的信号通路，导致转录因子磷酸化等变化，进而改变其与DNA结合的能力或者与其他蛋白质互作的方式，最终影响转录起始复合物的组装和功能。

通过上述这些机制，细胞能够根据自身需要精确地调控基因表达模式，确保生命活动正常进行。